Monster aneh seperti Godzilla yang disebut “kaijuu” telah muncul di Jepang selama bertahun-tahun. Untuk memerangi binatang buas ini, unit militer elit yang dikenal sebagai Korps Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari untuk melindungi warga sipil. Setelah makhluk terbunuh, “penyapu”—yang bekerja di bawah Perusahaan Pembersih Kaijuu Profesional—dibiarkan untuk membuang sisa-sisanya.
Kafka Hibino adalah 32 tahun anggota Profesional Kaiju Cleanup Corp Kafka juga teman masa kecil dengan Mina Ashiro yang ia bersumpah dengan untuk bergabung dengan Angkatan Pertahanan bersama-sama dan melindungi Jepang dari Kaiju. Namun, Kafka gagal dalam ujian masuk berkali-kali dan berhenti karena mimpinya menjadi anggota Angkatan Pertahanan sementara Mina kemudian menjadi kapten Divisi 3 Angkatan Pertahanan.
Mengikuti serangkaian peristiwa yang tidak menguntungkan dan interaksi dengan rekrutan ambisius bernama Leno Ichikawa, Kafka bertemu dengan kaijuu tipe parasit yang memaksa masuk melalui mulutnya — mengubahnya menjadi monster humanoid. Dengan kekuatan barunya, Kafka bertujuan untuk memberikan mimpi seumur hidupnya percobaan terakhir.
